wird Protein nicht durch fermentation gewonnen?
Das mit Sicherheit nicht.

Fermentation oder Fermentierung (lat. fermentum: „Sauerteig“) bezeichnet in der Biotechnologie die Umsetzung von biologischen Materialien mit Hilfe von Bakterien-, Pilz- oder Zellkulturen oder aber durch Zusatz von Enzymen (Fermenten). Dabei beschreibt die ursprüngliche Begrifflichkeit die biologische Reaktion unter Ausschluss von Luft (« Fermentation, c'est la vie sans l'air » (Pasteur)).
(Wikipedia)

Eher durch Filtration.

Die Frage ist allerdings, ob ein Isolat nicht ohnehin so stark erhitzt wird (so funktioniert glaube ich die Gewinnung von Isolaten), dass diese antinutrients - wie beim Kochen - zerstört werden.

Ich glaube bei dem Thema ist es ein bisschen so wie es immer ist, wenn man tiefer in die Materie eindringt: Es gibt bei jeder Sache immer tausend Für und Wider, und am Ende muss man halt selbst entscheiden. Deshalb meinte ich auch schon am Anfang, dass ich nicht sagen will, Soja sei grundsätzlich schlecht, ich aber für mich entschieden habe, es nicht mehr als Shake zu nehmen.

Einen guten Punkt finde ich in dem Artikel, dass auch Milch Östrogene enthält, man also auch mit Wheyprotein wahrscheinlich welche aufnimmt. Und dass natürlich auch Fleisch Hormone enthält, die man mitisst.