Kopieren oder verschieben? Bei ersterem ist es egal ob Dateien in Benutzung sind, bei letzterem werden die ja faktisch von der ersten Festplatte gelöscht.

Aber trotzdem ein Lösungsvorschlag:
Wenn ich das richtig sehe hast du dein Betriebssystem sicher auf die Platte C geworfen, richtig?
Dann kopier einfach alles ausser den Ordner "Windows" und dann sollte das prima funktionieren.