Gut belegt:
Muskelkater entsteht vorzugsweise bei Abbremsbewegungen, ungewohnten Beanspruchungen, und schweren Gewichten - also hoher Belastung für die Muskelfasern.
Dabei kommt es zu Einrissen der Z-Scheibe, es folgt eine Entzündungsreaktion der betroffenen Stelle.

Fraglich:
Ob Muskelkater positiv oder schädlich ist für Muskelquerschnittraining, kann ich nicht eindeutig sagen - als Folge von Übertraining ist er sicher nicht gut.
Es gibt aber auch Stimmen, die behaupten, dass es zu einer Vermehrung von Musskelfasern durch Muskelkater kommen soll.
Ein leichter Muskelkater sollte nicht schädlichsein und Trainingsreize müssen schliesslich gesetzt werden.

Eigene Erfahrung:
Badewanne und Whirpool nach dem Training hilft bei mir, dass der Muskelkater oft schneller verschwindet, meine Erklärung hierfür ist, dass ei guter Durchblutung die Reparatur schneller abläuft und vielleicht auch die Konzentration der ausgetretenen Eiweisse und ihrer Abbauprodukte vor Ort reduziert wird.

Ein starker Muskelkater kann am 2. oder 3. Tag nach dem Training am schlimmsten sein, dauert er aber öfter länger als 5 Tage, würde ich was am Training verändern.