Ich würde vorschlagen, die Festplatte(n) auf defekte Sektoren prüfen zu lassen. Am besten mit einem Harddisk-Tool vom Hersteller. Habe ein ähnliches Problem mit meinem Rechner gehabt, das hat sich aber dahingehend geäußert, dass die Festplatten-LED dauernd leuchtete, während der Rechner ein ähnliches Verhalten zeigte.
Die Firmware der Festplatte zeichnet die Adresse der schadhaften Sektoren auf, bei der Diagnose mit den entsprechenden Tools können dann Reserve-Sektoren einspringen, die Platte arbeitet dann wieder ganz normal (und der Rechner damit auch).