Ich würd' beides machen. Oder abwechseln.
Wobei ich schon das Gefühl habe, dass die Dips - naturgemäß - mehr auf die Trizeps gehen als BD.
Bei Schmerzen in den Schultern, egal bei welcher Übung, würd' ich zunächst versuchen den Bewegungsraum zu reduzieren. Wenn das nicht hilft, die Übung weglassen.