TuneUp Utilities beinhaltet ein Tool "TuneUp StartUp Manager". Dieses zeigt die Programme an, die im Autostart stehen und deren Beurteilung (Unnötig, Optional, Benötigt). Zusätzlich werden Informationen über die entsprechenden Programme links dargestellt, sodass man selber entscheiden kann, ob es wirklich sinnvoll ist, das entsprechende Programm autostarten zu lassen. Dementsprechend kann über den "Status"-Schalter das Programm aus dem Autostart genommen werden oder nicht.