Joggen auf nüchternem Magen ist definitiv nicht schlecht, ist aber nicht jedermanns Sache, da man sich schnell schlapp fühlt...
Damit kannst du, wie bereits gesagt wurde, nicht geziehlt Fett an deinen Problemstellen sondern nur am ganzen Körper abbauen. Aber
solange du keinen Marathon absolvierst sehe ich eigentlich keine Probleme mit einer möglichen Stagnation beim Muskelaufbaul, wenn du nach dem Lauf deine Speicher vernünftig wieder füllst.

Ich vermute ja auch eher, dass deine Aufbauprobleme am TP liegen. Poste den doch mal und ausserdem EP und Kraftwerte. Vielleicht können dir die Experten hier im Forum ja dann weiter helfen.
Dem schließe ich mich an...