Dein Arzt meint wahrscheinlich eine latente/unterschwellige Übersäuerung, bei der der Blut-pH-Wert konstant bleibt (also keine Azidose im klassischen Sinne). Das hat grundsätzlich keinen akuten Krankheitswert (eine durchschnittliche Ernährung führt oft zu einem leichten Säureüberschuss - das ist eigentlich mehr oder weniger "normal"). Es wird aber mittlerweile diskutiert, dass eine solche Übersäuerung langfristig negative Wirkungen auf den Organismus haben könnte.
Eiweiß würde ich nicht unbedingt reduzieren. Vielmehr solltest Du die Zufuhr von basischen Nahrungsmitteln erhöhen (Obst, Gemüse).

www.basica.de/rechner.htm